Dicas de Bionumerics

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Comentário de Kelly Nobre marra em 7 setembro 2011 às 17:22

Boa Tarde a todos.

Estou iniciando a utilização do Bionunerics para interpretação de resultados da RFLP na diferenciação molecular de Clostridium estertheticum.

Tentei seguir os passos apresentados acima para instalar a versão em português, mais não tenho esse arquivo que deve ser slavo na pasta Languages....

Alguém sabe onde posso encontrar?

Obrigada.

 

Kelly Nobre

Comentário de Nathalia Marques em 15 abril 2011 às 1:24

Obrigada Sylvia pela sua ajuda.

 

Nathalia.

Comentário de Sylvia Cardoso Leão em 7 abril 2011 às 11:01

Nathalia

Depende da sua interpretação do que seja estritamente relacionado. Sem dúvida os perfis de PFGE são estritamente relacionados com esta similaridade >80%. Mas a conclusão de que os isolados são estritamente relacionados teria que ser corroborada por outras técnicas (MLST, testes fenotípicos, sequenciamento do genoma, etc).

Sylvia

Comentário de Nathalia Marques em 5 abril 2011 às 18:51

Obrigada Sylvia,

eu estou trabalhando com PFGE e a bactéria é a Salmonella Typhi. Você acha que nesse caso eu posso dizer que com um coeficiente de Dice maior que 80% as minhas amostras são estritamente relacionadas?

Eu obtive 68 padrões diferentes no PFGE e desse total 66 padrões tiveram uma similaridade maior que 80%.

Comentário de Sylvia Cardoso Leão em 5 abril 2011 às 14:36

Nathalia

Para responder sua pergunta é necessário saber que técnica voce está usando. Dependendo da técnica e da espécie, estes conceitos podem variar. Por exemplo, usando RFLP com cepas de Mycobacterium avium, como os perfis variam ao longo do tempo com certa frequencia, é possível aceitar um limite inferior a 100% para considerar isolados como estritamente relacionados. Caso seja uma técnica que pode gerar bandas inespecíficas de intensidades variáveis, como RAPD, é indicado usar outro coeficiente, de Pearson, que compara curvas  e não bandas. Não sei se ajudei ou não.

Sylvia

Comentário de Nathalia Marques em 4 abril 2011 às 21:04

Oi, gostaria de tirar uma dúvida sobre a interpretação do coeficiente de Dice.

Quando eu posso afirmar que a similaridade genética de um grupo de amostras está estritamente relacionado? com um coeficiente de Dice maior ou igual a 80% eu posso dizer que as minhas amostras estão estritamente relacionadas?

Atenciosamente,

Nathalia.

Comentário de Henri Berghs em 12 março 2011 às 12:19

Karla,

 

Você deve criar primeiro no BioNumerics o experimento "Spoligo".

Depois importar o arquivo texto. Vou publicar mais tarde uma versão detalhada.

Comentário de Karla Valéria Batista Lima em 12 março 2011 às 12:16

Importar dados txt para BN vs 6.5

Henri

Estou tentanto fazer isso, mas estou errando no momento de fazer o link, pois meus dados de spoligotyping deveriam aparecem em experimentos.

Qual o melhor caminho?

Atenciosamente,

Karla Lima

Comentário de Amanda Azarias Guimarães em 24 janeiro 2011 às 21:39

Boa noite, Henri! Mais uma vez muito obrigada pela colaboração. Abraço!